نرم افزارهای بیوانفورماتیک و ژنتیک

معرفی دو نرم افزار کاربردی در تحقیقات کشاورزی ارائه شده توسط سیمیت (CIMMYT)

- META-R (Multi Environment Trail Analysis with R for Windows):

این نرم افزار شامل مجموعه ای از برنامه های R برای تجزیه های آماری است که از جمله کارکردهای آن می توان به موارد زیر اشاره کرد:

محاسبه پارامترهای BLUE و BLUP، همبستگی های ژنتیکی بین مکان ها و همبستگی های ژنتیکی بین متغیرها، وراثت پذیری عمومی و دیگر آماره ها برای آزمایشات اصلاحی، ساخت نمودارهای جعبه ای و هیستوگرام. امکان انجام آنالیزها بر اساس مکان، در بین شرایط محیطی و در بین همه مکان ها وجود دارد. این نرم افزار دارای رابط گرافیکی جاوا می باشد که به کاربر کمک می کند به راحتی بتواند فایل های ورودی داده ها، نوع آنالیز مد نظر و متغیرهای مورد بررسی را انتخاب کند.

دانلود META-R:

https://data.cimmyt.org/api/access/datafile/9090?gbrecs=true

- BIO-R (Biodiversity analysis with R for Windows):

این نرم افزار شامل مجموعه ای از برنامه های R است که آنالیز تنوع زیستی داده های مولکولی را انجام می دهد. از جمله کارکردهای آن می توان به موارد زیر اشاره کرد:

محاسبه هتروزیگوسیتی، تنوع بین و درون گروه ها، شاخص شانون، تعداد الل موثر، درصد لو های پلی مورفیک، فاصله های ژنتیکی Rogers و Nei، تجزیه کلاستر، مقیاس بندی چند بعدی با پلات های دو بعدی و سه بعدی و .

دانلود BIO-R:

https://data.cimmyt.org/api/access/datafile/9087?gbrecs=true

- ADEL-R (Analysis and design of experiments with R for Windows):

این نرم افزار شامل مجموعه ای از برنامه های R است که برای ایجاد و آنالیز طرح های آزمایشی کاربرد دارد. خروجی آن جدول های تجزیه واریانس (ANOVA) و گراف های مقایسه میانگین است. طرح هایی مانند طرح بلوک های کامل تصادفی، طرح بلوک های ناقص طرح آگمنت ( حجیم شده)، طرح کرت های خرد شده، طرح های فاکتوریل، طرح کرت های نواری. این نرم افزار دارای رابط گرافیکی جاوا است که استفاده آسان از آن را برای کاربر میسر می سازد.

دانلود ADEL-R:

https://data.cimmyt.org/api/access/datafile/9569?gbrecs=true

امروزه یکی از نرم افزارهایی که کاربرد بسیار زیادی برای آنالیز داده ها دارد، نرم افزار R است. R یک زبان برنامه نویسی و همچنین نرم افزاری برای انجام آنالیزهای آماری ساده و پیچیده است که شامل عملکردهایی برای خلاصه سازی داده ها، آنالیز، نمایش گرافیکی و مدل سازی داده ها است. زبان R اولین بار توسط دو نفر در دانشگاه Auckland نیوزیلند پا به عرصه وجود گذاشت. اولین نسخه آن در سال 2000 ارایه شد. یک تیم بین المللی مسئولیت نگه داری، پشتیبانی و توسعه آن را به عهده دارد.

این نرم افزار را می توان بصورت رایگان از سایت اختصاصی آن دانلود کرد:

http://www.r-project.org

قصد داریم به مرور آموزش های عملی برای استفاده از این نرم افزار در تجزیه داده های ژنتیکی در وبلاگ قرار دهیم که می تواند مورد استفاده محققین و دانشجویان گرامی باشد.